Allgemein

PubMed Import

Um Datensätze aus der Meta-Datenbank PubMed in PuRe zu importieren, gibt es verschiedene Möglichkeiten. In diesem Artikel werden vier Möglichkeiten aufgelistet.
Für die kommenden Möglichkeiten brauchen Sie ein Literaturmanagement Programm wie zum Beispiel Zotero oder EndNote.

  • Nutzen Sie die Suche in EndNote für PubMed: Tools > Online Search > PubMed. Exportieren Sie im txt-Format mit dem Output-Style „EndNote Export“ die Datensätze und importieren Sie dieses Dokument in PuRe.
    • EndNote Export:

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Best Practise

Gruppenauswertungen mithilfe von EndNote

Für manche Auswertungen ist es interessant zu wissen, wie viele Publikationen in einem Department oder einer Gruppe entstanden sind und wie viele gemeinsam veröffentlicht wurden.
Um die entsprechenden Zahlen zu erhalten, besteht in PuRe die Möglichkeit Gruppen- und Department-Listen mithilfe der Suche zu generieren. Wir empfehlen dafür die Suchfelder „Organisation“ und „Collection“ kombiniert zu verwenden.

Komfortabler lassen sich solche Listen und Auswertungen mit dem Literaturmanagement-Programm EndNote generieren. Im folgenden eine Beschreibung der Vorgehensweise:

  • Exportieren Sie den Bestand, den Sie auswerten möchten, im EndNote Format aus PuRe. (PuRe exportiert im EndNote Format die Affiliation-Information.)
  • Importieren Sie den Export nach EndNote.
  • Erstellen Sie mit „Create Smart Group“ eine Gruppe für das jeweilige Department/Gruppe.
  • Stellen Sie folgendes ein: „Author Address contains“ „Gruppenbezeichnung“

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PubMan-Release, PuRe-News

PubMan 7.14 – Projektinformationen und CSL

Am 24.04.2018 wurde MPG.PuRe planmäßig auf die PubMan-Version 7.14 aktualisiert.

Folgende  neue Funktionalitäten und Korrekturen stehen Ihnen zur Verfügung:

Allgemein:

  • Das Feld „Projektinformation“ in der Eingabemaske lässt sich beliebig oft verdoppeln.
  • MARC-Export (Anforderung für Vufind): Der Wert aus dem PuRe-Feld „degree“ (für Theses) wird übernommen in das MARC-Feld 502, Unterfeld b.

CSL:

  • Wenn die zweite Quelle eine „Reihe“ ist und die erste Quelle keine Reihe ist,
    dann wird der Titel der zweiten Quelle in „collection-title“, der/die Urheber der zweiten Quelle in „collection editor“ und die Bandangabe der zweiten Quelle in „collection-number“ geschrieben.
  • In bestimmten Fällen wurde beim Datum der Veranstaltung – wenn es nur die Jahres- oder Monatsangabe enthielt – automatisch „00-00“ ergänzt. Das ist behoben.
  • Das Genres „Other“, „Paper“ und „Editorial“ werden nicht mehr auf „article-journal“, sondern auf „article“ gemappt.
  • Der Editor einer Quelle wird nur noch auf „container-author“ oder „collection-editor“ (je nach Genre) gemappt. Nicht mehr zusätzlich auf „editor“.
PubMan-Release, Wartungsarbeiten

Release am 24. April – PuRe vorübergehend nicht erreichbar

Am Dienstag, den 24. April, wird ab 7:00 Uhr morgens eine neue PubMan-Version (7.14) auf PuRe implementiert.

Die Arbeiten können bis zu 3 Stunden dauern, da wir die Gelegenheit nutzen werden, um wichtige Systemupdates einzuspielen.

Während dieser Zeit wird das System nicht zur Verfügung stehen (kein Read-only Zugriff).

 

 

On Tuesday, April 4, we’re going to implement a new PubMan version (7.14) on MPG.PuRe.

The procedure will start at 7 a.m. and may take up to 3 hours maximum.

During this period access to the PuRe service will not be possible (no read-only access).

 

 

Allgemein, Best Practise

URL-Prüfung für externe Referenzen

Da MPG.PuRe (noch) keinen integrierten Linkcheck anbietet, hier eine Möglichkeit dies vor allem für externe Referenzen mithilfe eines Firefox-Addon durchzuführen.

Das benötigte Addon heißt LinkChecker und ist hier zu finden: https://addons.mozilla.org/de/firefox/addon/linkchecker/ Bitte beachten Sie, dass das Addon nicht kompatibel mit Firefox Quantum ist. Es funktioniert mit allen älteren Version von Firefox, wie zum Beispiel Firefox ESR. Achtung: Wenn Sie Firefox ESR installieren, wird die aktuelle Version auf Ihrem Rechner überschrieben.

Wenn Sie den LinkChecker erfolgreich installiert haben, fügen Sie ihn in Ihr Browser-Menü ein:

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Probleme & Bugs

Bekannter Bug: Output Format in der REST-Schnittstelle

Derzeit existiert bei der Auswahl eines Output Formats in der REST-Schnittstelle ein kleiner Bug: Sobald das Export Format CSL ausgewählt wurde, lässt sich nicht mehr das Output Format ändern.
Deshalb hier eine Anleitung um trotzdem an das gewünschte Output Format zu kommen:

  1. Wählen Sie zuerst zum Beispiel das Export Format APA aus und stellen Sie das Output Format auf das gewünschte Output Format zum Beispiel docx.
  2. Wählen Sie das Export Format CSL aus und dann einen Stil. Das Output Format sollte weiterhin docx sein.
  3. Mit Submit erhalten Sie die gewünschten Ergebnisse.
Allgemein

Aktueller Stand beim „Daten abholen“

In PuRe bestehen folgende Möglichkeit über den Import Daten von anderen Plattformen abzuholen (im englischen „fetch“):

Von diesen fünf Optionen funktionieren aktuell: Spires, eSciDoc und arXiv.

Bei BioMed und PubMed Central (PMC) ändert sich öfters ohne unser Wissen etwas auf der technischen Ebene, sodass PuRe keine Datensätze mehr abholen kann. Die Anpassungen, die nötig sind um wieder Datensätze abholen zu können, sind recht aufwendig. Erschwerend kommt hinzu, dass wir von den Änderungen nur erfahren, wenn das Abholen nicht mehr funktioniert.

Langfristig suchen wir nach einer generischen Lösung zum Abholen von Datensätzen.

Damit Sie weiterhin komfortabel Datensätze aus BioMed und PubMed Central in PuRe importieren können, empfehlen wir Ihnen, zum Beispiel das kostenfreie Zotero Plug-in für FireFox zu benutzen. Mit diesem können Sie ein RIS-Dokument erstellen, dass Sie dann in PuRe importieren können.

Allgemein, Probleme & Bugs

„Internal Server Error“ beim Aufrufen der Detailansicht

Aufgrund eines Fehlers in eSciDoc kann es in seltenen Fällen passieren, dass sich ein Datensatz nach der Bearbeitung in der Detailansicht nicht mehr öffnen lässt. Beim Aufruf der jüngsten Version erhalten Sie dann einen weißen Bildschirm mit der Meldung „Internal Server Error“.

Solange dieser Fehler nicht behoben ist, können Sie sich selbst mit einem Trick helfen und die Detailansicht wieder reparieren.

Bei der Erstellung oder Bearbeitung eines Datensatzes vergibt eSciDoc (Technisches Framework hinter PuRe) in diesen Fällen automatisch eine Affiliation-ID für den Urheber der Quelle. Die anderen Metadaten zum Urheber der Quelle bleiben aber leer.

Diese Konstellation führt dann bei der Darstellung in der Detailansicht zu einem Fehler und in PuRe kommt die „Internal Server Error“ Seite zum Vorschein.

Beheben können Sie diesen Fehler auf folgende Weise:

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MPG.PuRe-Blog